RNA Sequencing NGS Service
透過 NGS 技術將定序結果與參考文獻序列比對,進而獲得基因表現及功能註解,而更高的定序量及 Paired-End 定序方式可更準確深入探討到 transcripts 層級的基因表現 (Alternative Splicing),完整分析轉錄過程中所有基因表現的概況,另外除了這些已知的基因與 Transcripts 的資訊,亦可偵測到 Non-coding RNA ( 如 LincRNA ) 之表現狀態;除此之外,透過組裝的方式也可以進行 Novel Genes 或 Transcripts 的預測。NGS 在基因偵測敏感度略高於 Microarray,為目前基因表現分析最主流的實驗篩選工具。
實驗流程
樣品條件
RNA QC 標準: |
Sample Type |
Total RNA (DNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water) |
Amount |
≧ 5 μg |
Concentration |
≧ 80 ng/μl |
OD260/280 |
1.8-2.2 |
OD260/230 |
≧ 1.8 |
28S/ 18S |
≧1.5 |
RNA Integrity Number (RIN) |
≧7 |
定序策略
- Illumina Solexa Platform
- Single End / 10M 或者 20M Reads 以上的定序量 ( 僅針對高度表現基因進行篩選 )
- Single End / 30M Reads 以上的定序量 ( 可獲得更穩定之基因表現量 )
- Paired-End / 2Gb 以上的定序量 (Gene Expression / Alternative Splicing / Novel Gene &
Transcripts Prediction, <10,000 Genes)
- Paired-End / 4Gb 以上的定序量 (Gene Expression / Alternative Splicing / Novel Gene &
Transcripts Prediction, >15,000 Genes)
威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!
分析流程及內容
Standard Analysis - 標準分析服務
- Data Cleaning:去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
- Alignment:與參考序列比對。
- Genes & Transcripts Expression Analysis:基因表現及樣品間表現差異分析。
- Gene Ontology & KEGG Pathway Analysis:基因功能註解及參與分子途徑分析。
- Novel Genes & Transcripts Discovery:新基因預測。
Advanced Analysis - 進階分析服務 ( 加選 )
- Clustering/ Heatmap (Sample ≥ 3):叢集分析 ( 樣品數需三個以上 )。
- PCA Plot。
- SNPs Calling:SNPs 預測。
- 其他客製化分析。