基因表現晶片服務 Gene Expression Microarray Service

本公司生物晶片服務使用安捷倫原廠儀器及實驗方法。為安捷倫第一個開放式基因表現晶片提供者，提供研究者各式各樣的基因表現分析晶片。藉由安捷倫多樣式規格的基因晶片，提供研究者獲得高品質、低價格的全基因體 (whole genome) 基因表現分析方案。另外經由本公司的服務，能得到更可靠的實驗數據與分析結果。

安捷倫基因表現晶片平台提供您最佳化的實驗結果，只要一個平台就可以選擇使用單光或者是雙光分析模式。安捷倫高品質可靠度的基因晶片，將為您帶來品質無與倫比的雙模式實驗能力。

安捷倫 SurePrint G3 生物晶片根據目前最新的資料庫推出新一代的 Human (v3)、Mouse (v2) 和 Rat(v2) 晶片版本，使用者也能透過網路的 eArray 平台來進行客制化的修改。安捷倫的 SurePrint 技術擁有關鍵的優勢，能夠依照客戶的需求隨時更新探針的組成設計，這無人能及的客製化能力讓您的研究一直領先在最前端。

Human v3 版：大幅更新並提升人類基因表現的覆蓋率，新的 LncRNA 設計完整涵蓋 LNCipedia 2.1 資料庫 ( 與 Ghent University 共同開發 )。
Mouse v2 版：完整涵蓋 RefSeq 資料庫的轉錄基因，重新設計的 lncRNA 探針內容大幅提升效能與基因註解。
Rat v2 版：完整涵蓋已知的 RefSeq 基因，包含預測及非編碼基因。

產品介紹
詳細規格
產品特點

最新生物晶片規格比較

生物晶片就如同 RNA-seq 及 qRT-PCR 一樣是研究基因表現的主要指標工具之一。安捷倫的 SurePrint G3 生物晶片採用 8x60k 探針密度設計，能在廣泛數據資訊與所需實驗時間中獲得最佳平衡。這些特點使得安捷倫 SurePrint G3 生物晶片成為各實驗室進行快速目標驗證或臨床開發多重目標比較的最佳選擇。

Transcript coverage	Agilent v3 Human	Comp. A	Agilent v2 Mouse	Comp. A	Agilent v2 Rat	Comp. A
RefSeq (Entrez) gene count	26,083	24,838	27,122	26,515	30,584	23,586
NM - RefSeq coding transcript, known	37,756	30,654	29,116	26,191	17,619	16,771
NR - RefSeq non-coding transcript, known	8,339	5,638	3,316	3,391	156	442
XM - RefSeq coding transcript, model	28,768	996	44,306	1,946	42,424	10,376
XR - RefSeq non-coding transcript, model	8,943	3,428	13,129	3,712	18,128	818
lncRNA transcripts	30,606	11,086	4,578	~2,000

Gene Expression Microarrays
基片規格 8x60k format	Human、Mouse、Rat
基片規格 4x44k format	Human、Mouse、Rat Arabidopsis (V4)、Barley、Bovine (V2)、Brassica Canine、Canine (V2)、C. elegans (V2)、Chicken (V2)、Cotton、Drosophila、E. coli、Horse、Magnaporthe (V2)、Medicago、Mosquito、Porcine (V2)、Rabbit、Rhesus、Rice、Salmon、Sheep、Tobacco、Tomato、Wheat、Xenopus (V2)、Yeast (V2)、Zebrafish (V3)

若以上晶片無法滿足研究人員的需要，Agilent 尚提供客制化晶片，詳細介紹請見客制化晶片的製作。

樣品條件

檢體類別：total RNA、Tissue、Cell line

RNA QC 標準：
RNA amount	RNA concentration	OD260/280	28S/18S Ratio	RIN
5 µg	≧ 200 ng/ µl	≧ 1.8	≧ 1.2	≧ 7
量、濃度、純度之測量：採用 NanoDrop 測量，其敏感度至 5µg，受測體積只需 1µl。 RNA 完整度測量：採用 Bioanalyzer 2100 搭配 RNA 6000 nano labchip 或 RNA 6000 pico labchip，提供符合國際期刊所需之標準，包括 28S/18S ratio 及 RIN (RNA Integrity Number)。

其他檢體 ( 組織、血液、細胞 )：檢體條件請參考核酸萃取的檢體條件。

實驗流程

流程說明雙光實驗－客戶提供實驗組及對照組的 total RNA 單光實驗－客戶提供實驗組 total RNA
	以 NanoDrop 及 2100 Bionanalyzer QC
	cRNA 放大暨螢光標定：實驗組的 cRNA 標定 Cy5 螢光，對照組 cRNA 標定 Cy3
	晶片實驗：實驗組 DNA 與對照組 DNA 雜交反應，Wash 晶片後進行晶片掃描
	Microarray 影像分析及 data 輸出

報告內容

Gene expression microarray 服務及報告內容 ( 雙光 )

	報告產出	說明	格式
圖檔部份	Scanning image	Combined Cy3, Cy5 image	TIFF
	Scatter plot	X、Y 軸分佈圖	JEPG
	MA plot	X、Y 軸分佈圖	JEPG
數值部份	Raw data	原始訊號數值	Excel
	Normalized ratio ( 經 rank consistent lowess 方法進行 normalization )	統計分析	Excel
	p -value ( 以 error model 進行 t-test 分析，以供 differential expressed gene 之判斷 )	統計分析	Excel
	Significant up & down regulated gene list	Fold change ≧2，and P-value< 0.05	Excel

Gene expression microarray 服務及報告內容 ( 單光 )

	報告產出	說明	格式
圖檔部份	Scanning image	Cy3 image	TIFF
數值部份	Raw data	原始訊號數值	Excel
數值部份	Normalized ratio ( 經 75th percentile 方法進行 normalization )	統計分析	Excel

Reference

Yung-Ming Jeng , et al. (2008). RNA-binding protein insulin-like growth factor II mRNA-binding protein 3 expression promotes tumor invasion and predicts early recurrence and poor prognosis in hepatocellular carcinoma. Hepatology. 48(4): 1118-1127.
Ren-Jun Hsu, et al. (2009). Labeled microRNA pull-down assay system: an experimental approach for high-throughput identification of microRNA-target mRNAs. Nucleic Acids Research. 37(10): e77
Li-Yu D Liu, et al. (2009). Statistical identification of gene association by CID in application of constructing ER regulatory network. BMC Bioinformatics. 10:85
H C Lien, et al. (2007). Molecular signatures of metaplastic carcinoma of the breast by large-scale transcriptional profiling: identification of genes potentially related to epithelial|[ndash]|mesenchymal transition. Oncogene 26, 7859–7871
Jung-hua Steven Kuo, et al. (2009). Interactions between octaarginine and U-937 human macrophages: Global gene expression profiling, superoxide anion content, and cytokine production . Journal of Controlled Release. 139(3): 197-204.
Ming-Chih Ho, et al. (2006). A Gene Expression Profile for Vascular Invasion can Predict the Recurrence After Resection of Hepatocellular Carcinoma: a Microarray Approach . Annals of Surgical Oncology. 13(11): 1474-1484.

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