以微陣列技術為基礎的比較基因組雜交 (array-based Comparative Genomic Hybridization--aCGH) 是一個功能強大的技術,可用來偵測染色體 DNA 拷貝數變異。以已知的正常染色體套數為基準,來檢測染色體的獲得和損失的變異。多樣化的晶片規格及可自由調整探針佈放密度的客製化晶片,使得 CGH Microarray 工具能有高靈活度的應用。
Agilent 比較基因組雜交晶片是一高解析度工具,僅需少量 DNA 即可對全基因組 DNA 拷貝數變異進行檢測。探針序列的設計除了考慮 Tm 值、二級結構、序列特異性等,還要求需具有高敏感性和高特異性。國際期刊 PNAS 曾針對其效能進行實驗驗證,以 GM50122 18q- cell line 測試,所得結果和已知 deletion 位置相符。CGH Microarray 應用範圍包含:Cancer genome、Genetic disease 及 Assessment of genome instability 等。
目前有 244K 規格目錄晶片及 SurePrint G3 製程高密度晶片兩種類型。
1. 244K 規格目錄晶片
Agilent aCGH 晶片種類 | Human 244A | Human 105A | Mouse 244A | Mouse105A |
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Agilent Product Number | G4411B | G4412A | G4415A | G4416A |
Design ID | 014693 | 014698 | 014695 | 014699 |
Format | 1 x 244K | 2 x 105K | 1 x 244K | 2 x 105K |
Arrays/Slide | 1 | 2 | 1 | 2 |
Slides/Kit | 5 | 5 | 5 | 5 |
Distinct Biological Features | 236,381 | 99,026 | 235,402 | 98,797 |
Replicated Biological Features (X5) | 1,000 | 525 | 1,400 | 760 |
Internal Quality Control Features | 5,045 | 4,626 | 5,099 | 4,712 |
Composition | Content sourced from - UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006 |
Content sourced from - UCSC mm8 (NCBI Build 36), February 2006 |
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Probe Spacing | 8.9 KB overall median probe spacing (7.4 KB in Refseq genes) | 22 KB overall median probe spacing (19 KB in Refseq genes) | 7.8 KB overall median probe spacing (6.2 KB in Refseq genes) | 19.3 KB overall median probe spacing (15.7 KB in Refseq genes) |
2. SurePrint G3 製程高密度晶片
若客戶希望以更高解析度偵測變異,可使用以更高密度打點的 Agilent SurePrint G3 製程晶片,晶片解析度最高可達 1M,本類晶片需搭配新款可掃描 2u 的 scanner。SurePrint G3 製程晶片各種規格如下:
Agilent aCGH 晶片種類 | Human 1M | Human 2x400K | Human 4x180K | Mouse105A |
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Agilent Product Number | G4447A | G4448A | G4449A | G4450A |
Design ID | 21529 | 021850 | 022060 | 021924 |
Format | 1 x 1M | 2 x 400K | 4 x 180K | 8 x 60K |
Arrays/Slide | 1 | 2 | 4 | 8 |
Slides/Kit | 5 | 5 | 3 | 3 |
Distinct Biological Features | 963,029 | 411,056 | 170,334 | 55,077 |
Replicated Biological Features (X5) | 1,000 | 1,000 | 1,000 | 1,000 |
Internal Quality Control Features | 6,685 | 5,126 | 6,539 | 3,886 |
Composition | Content sourced from - UCSC hg18 (NCBI Build 36), March 2006 |
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Probe Spacing | 2.1 KB overall median probe spacing (1.8 KB in Refseq genes) | 5.3 KB overall median probe spacing (4.6 KB in Refseq genes) | 13 KB overall median probe spacing (11 KB in Refseq genes) | 41 KB overall median probe spacing (33 KB in Refseq genes) |
Mouse 等其他熱門物種也已經有相當規格之目錄晶片,如有需求可與當區業務討論。若以上晶片規格無法滿足研究人員的需要,威健另外提供客制化晶片,詳細介紹請見客制化晶片的製作。
檢體類別:DNA、Tissue、Cell line、Blood
DNA QC 標準: | ||
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DNA 濃度 | DNA 總量 | OD260/280 |
≧ 50 ng/μL | 500 ng - 3 μg | ≧1.7 |
Note:DNA 量影響訊號強度,最好大於 500 ng,請盡量不要太低量。 | ||
其他檢體 (Tissue、Cell line、Blood): 對照組樣品: |
其他檢體 ( 組織、血液、細胞 ):檢體條件請參考核酸萃取的檢體條件。
流程說明 | ||
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DNA QC 檢查 | ||
晶片實驗:DNA 片斷化 | ||
片斷化 DNA 進行螢光標定,實驗組的 DNA 標定 Cy5 螢光,對照組 DNA 標定 Cy3。 | ||
晶片實驗:實驗組 DNA 與對照組 DNA 雜交反應,Wash 晶片後進行晶片掃描。 | ||
資料輸出,整理 DATA。初次委託者由專責人員到場做資料解說。 |
Gene expression microarray 服務及報告內容 ( 雙光 )
報告產出 | 說明 | 格式 | |
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報告內容 (Raw data) |
Scanning image | Combined Cy3, Cy5 Image | TIFF |
Raw data | Feature Extraction 軟體輸出 | txt | |
Design file | 所用晶片原始 design file | xml | |
報告內容 (以圖形化資料輸出軟體輸出之 data) |
Cytoreport | DNA analytics 輸出 | |
text aberration summary | DNA analytics 輸出 | excel | |
重要染色體變異位置貼圖 | DNA analytics 輸出 | ppt | |
檔案說明 | 文件檔案之說明 | ppt, word |
重要染色體變異位置貼圖