NGS RNA Level NGS Service

Transcriptome De novo

對於未知序列物種之 mRNA 進行定序及組裝,藉由組裝完成後之 Unigene 可進行基因表現及功能註解、蛋白質編碼區、分子途徑預測分析;另外針對 Unigene 亦可進行 Microsatellite Markers ( cDNA SSRs ) 的分析。因此透過次世代定序技術在非模式物種的研究可快速尋找且預測出有意義或表現差異的基因,並可透過客製化晶片設計進行進一步基因表現篩選及驗證實驗,而藉由 NGS 技術探索 SSRs Marker 在農林漁牧業的育種研究也成為未來的主流。


Transcriptome-Seq

完整分析轉錄過程中所有基因表現的概況,透過 NGS 技術將定序結果與參考文獻基因組序列比對,進而獲得基因表現及基因功能註解,而更高的定序量可深入探討到 transcripts 層級的基因表現 ( Alternative Splicing ),另外除了這些已知的基因與 Transcripts 的資訊,Non-coding RNA ( 如LincRNA ) 也可能偵測到其表現的狀態;除此之外,透過 Paired-End 組裝的方式,還可以進行 Novel Transcripts 的預測。對於多樣基因表現分析,威健更提供顯著差異表現基因的 Gene Ontology 、 KEGG Pathway 分析及 Clustering 繪製。


Small RNA Sequencing

Small RNA 為小片段的 RNA ( 約18-40nt ),透過 NGS 技術能快速呈現 small RNA 在生物體內表現概況,以目前短片段定序的技術而言幾乎都能完整讀取 mature miRNA 的全長序列訊息,並分析確認其來自於原始生物體中;除此之外,有別於以往 miRNA Array 的限制,除了比對現有 miRBase 的 miRNA Database,這些比對不上的短片段序列還可透過軟體預測是否為 Novel miRNA,這也是 Small Non-coding RNA 在 NGS 應用的最大價值所在。對於多樣品 miRNA 間表現分析,威健亦能提供顯 Clustering 繪製及 miRNA Target Gene 預測的分析。



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