Microbial Whole-Genome Sequencing
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Microbial Whole-Genome Sequencing Microbial WGS

有別於次世代定序，第三代定序的 PacBio HiFi Reads，兼具有更長讀長且不失高精準度的特性，可以克服重複序列與高 GC 區域的組裝挑戰，產生更長的 Contig 與更少的片段化序列，讓研究者更容易得到完整且精確的染色體及質體資訊。

提供 Contigs/chromosome/plasmid 的環狀輿圖
提供與參考菌株的長片段序列比對結果

自純菌樣品萃取 DNA 後，先將樣品 DNA 片段化至最適定序長度 (7~12kb)，接著製成啞鈴狀模板 (SMRTbell) 文庫，並於 PacBio Sequel IIe 平台進行定序與後續分析。

自純菌樣品萃取 DNA 後製成 SMRTbell 文庫，並於 PacBio 平台進行定序與後續分析。
DNA 檢體需求
樣品型態 純菌 DNA
總量 ≥3000ng
濃度 (Qubit) ≥100 ng/ul
體積 ≥30 ul
DNA 品質 80% ≥ 7kb (TapeStation)

定序策略

  1. PacBio Sequel IIe Platform
  2. 提供每隻細菌基因體 >20 倍定序分析
  1. 全基因體序列組裝。

    - 提供組裝所得之 contigs
    提供全基因體序列組裝所得之 contigs 範例

    - 將組裝所得之 contigs 完成至 Finished/Complete (非標準服務內容)
    contigs 完成至 Finished/Complete 範例



  2. 提供基因預測 (gene prediction) 及註解 (annotation) 分析結果。

    - 簡述基因預測統計結果，如蛋白質編碼基因總數、於組裝總長的佔比數、rRNA 基因叢聚個數、tRNA 基因個數、重複序列個數及 CRISPR 陣列數量
    基因預測統計結果範例

    - 基因註解結果
    基因註解結果範例

    - Contigs/chromosome/plasmid 的環狀輿圖：以顏色、箭號及柱狀圖分別標示基因位置、方向性及該區域的 GC Skew & GC%
    環狀輿圖-以顏色、箭號及柱狀圖分別標示基因位置、方向性及該區域的 GC Skew 及 GC%



  3. 已知抗藥性、壓力及毒素基因的偵測結果。
    已知抗藥性、壓力及毒素基因的偵測結果。


  4. 以已知的 53 個細菌的 ribosome protein subunits (rps genes) 的 DNA 序列進行比對，提供菌種分類與鑑定的結果。
    菌種分類與鑑定的結果範例


  5. 提供與參考菌株的長片段序列比對，以偵測基因組中倒置、缺失或重複的現象，並以點陣圖呈現結果。
    以點陣圖呈現與參考菌株的長片段序列比對結果。
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