Chromatin IP Sequencing NGS Service
透過次世代定序,將 IP 後的 DNA 片段與 Input 比對回 Reference genome,藉此可快速找出 Protein binding site,並且進行 motif 分析。相較於 ChIP-on-chip 的分析方式,ChIP-seq 所需要的 DNA 樣品需求量少,除了可以得到 Whole genome 的實驗資訊之外也不會受到探針設計的限制,分析的範圍更加全面。由此可知,ChIP-seq 在樣品量少的情況下,是篩選蛋白質結合位一個相當理想的方式。
實驗流程
樣品條件
DNA QC 標準: |
Sample Type |
IP DNA (Control / Total Input) [ RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water ] |
Amount |
dsDNA ≧ 10ng (Size:150-300 bp) |
Concentration |
≧ 1 ng/μl |
OD260/280 |
1.8-2.0 |
OD260/230 |
≧ 1.6 |
定序策略
- Illumina Solexa Platform
- Single End / 10M 以上定序量
( 針對 genome size 較小,例如 fly, worm 等,分析 DNA binding protein / Transcription Factors 及相關 cofactor / Histone Modification )
- Single End / 20M 以上定序量
( 針對 genome size 較大,例如 human 等,分析 DNA binding protein / Transcription Factors 及相關 cofactor )
- Single End / 包 lane
( 針對 genome size 較大,例如 human 等,分析 DNA binding protein / Histone Modification )
威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮,我們皆以客戶需求為優先考量,依照客戶預算與研究需要,經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務,每個步驟的用心都值得您信賴!
分析流程及內容
Standard Analysis - 標準分析服務
- Data Cleaning:去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
- Alignment:Clean data 與參考序列進行比對。
- Peak identification:提供 reads 對回 Genome 的位置資訊。
- Peak annotation:提供 reads 在 Genome 之相近基因註解。
- Motif analysis:將所有找到 Binding Site 之序列進行 Motif 分析。
Advanced Analysis - 進階分析服務 ( 加選 )
- 結合 RNA-seq data:在特定區域進行 Gene expression 分析。
- 其他客製化分析。