Chromatin IP Sequencing NGS Service

實驗流程

樣品條件

DNA QC 標準 ：
Sample Type	IP DNA ( Control/ Total Input ) [ RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water ]
Amount	dsDNA ≧ 10ng (Size：150-300 bp)
Concentration	≧ 1 ng/μl
OD260/280	1.8-2.0	OD260/230	≧ 1.6

定序策略

1. Illumina Solexa Platform
2. Single End / 10M 以上定序量
   (針對 genome size 較小, 例如 fly, worm 等, 分析 DNA binding protein/ Transcription Factors 及相關 cofactor/ Histone Modification)
3. Single End / 20M 以上定序量
   (針對 genome size 較大, 例如 human 等, 分析 DNA binding protein/ Transcription Factors及相關cofactor)
4. Single End / 包 lane
   (針對 genome size 較大 例如 human 等, 分析DNA binding protein/ Histone Modification)

威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對NGS熱潮，我們皆以客戶需求為優先考量，依照客戶預算與研究需要，經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務，每個步驟的用心都值得您信賴！

分析流程及內容

Standard Analysis
標準分析服務

1. Data Cleaning：去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
2. Alignment：Clean data 與參考序列進行比對。
3. Peak identification：提供 reads 對回 Genome 的位置資訊。
4. Peak annotation：提供 reads 在 Genome 之相近基因註解。
5. Motif analysis：將所有找到 Binding Site 之序列進行 Motif 分析。

Advanced Analysis
進階分析服務 (加選)

1. 結合 RNA-seq data：在特定區域進行 Gene expression 分析。
2. 其他客製化分析。