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MeDIP SEQUENCING
MeDIP Sequencing NGS Service
MeDIP-seq 可透過 5-mC 和 5-hmC 抗體來抓取辨認具有甲基化的區域，區分出不同甲基化修飾的位置，其解析度大約 50-100bp。MeDIP-seq 使用 Whole Genome 進行實驗，可避免掉 RRBS 酵素作用所造成的一些盲點。另外透過 IP 後的 DNA 片段進行定序，其定序量與研究費用相對於 Whole Genome Bisulfite Sequencing 也較低，對於全基因體甲基化的初步篩選是一個快速又可靠的方式。
樣品條件
| DNA QC 標準： | |||
|---|---|---|---|
| Sample Type | Genomic DNA (RNase Treat & Dissolved in Nuclease-free Water) | ||
| Amount | ≧ 10 μg | ||
| Concentration | ≧ 50 ng/μl | ||
| OD260/280 | 1.8-2.0 | OD260/230 | ≧ 1.6 |
| Ratio of gDNA Conc. | Qubit/ Nanodrop ≥ 0.7 | ||
| 1.5~2% Agarose Gel Electrophoresis ( 確保 DNA 完整度 ) | |||
定序策略
- Illumina Solexa Platform
- Single Read：20M reads 以上定序量
- Single Read：包 lane ( 提供針對 5-mc, 5-hmc 區域進行 IP 的服務 )
威健在生物高通量實驗技術服務有相當專業且豐富的經驗。面對 NGS 熱潮，我們皆以客戶需求為優先考量，依照客戶預算與研究需要，經全盤評估後建議最佳定序量或實驗方式。專業而靈活的服務，每個步驟的用心都值得您信賴！
分析流程及內容
Standard Analysis - 標準分析服務
- Data Cleaning：去除 Quality 較差之數據確保後續分析的正確性。
- Alignment：Clean data 與參考序列進行比對。
- Enrichment & Coverage Analysis：比較各樣品在 CpG 之覆蓋率。
- Peak identification：提供 reads 對回 Genome 的位置資訊。
- Peak annotation：提供 Methyl Site 在 Genome 之註解，篩選具差異性的甲基化區域。
Advanced Analysis - 進階分析服務 ( 加選 )
- 結合 RNA-seq data：進行 Gene Expression 分析。
- 其他客製化分析。
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