MeDIP (Methylation DNA IP) Sequencing
有別於 Bisulfite Sequencing 的方式，Cytocine Methylation 亦可透過抗體來抓取辨認，這種方法稱之為 MeDIP-seq，但相對於 Bisulfite Sequencing 而言，MeDIP-seq 甲基化解析度並無法達到單一鹼基，僅能提供大約 50-100bp，雖然其解析度較 Bisulfite Sequencing 差，且抗體免疫沉澱法先天就存在著再現性不佳的限制，但 MeDIP-seq 使用 Whole Genome 進行實驗，可避免掉 RRBS 酵素作用所造成的一些盲點，另外透過 IP 後進行定序，其定序量與研究費用相對於 WGBS 也較低，對於初步篩選出樣品在全基因組甲基化分佈仍是一種相當不錯的工具之一。
Chromatin IP Sequencing
探討 Protein-DNA Interaction 除了傳統的 ChIP-on-chip 的方式，NGS 也提供了另一種更高解析度的實驗方法。ChIP-seq 所需檢體量較過去 Array 低，另外也不會受到 Array 上探針設計的限制，因此更為全面，但值得注意的是只要使用抗體免疫沉澱就一定會遭遇到再現性的挑戰，且 ChIP-seq DNA 片段化的長度相對於 Array 需要更短，但這些缺點其實瑕不掩瑜，畢竟在檢體量較少且需獲得最完整 Protein Binding Site 資訊的實驗方式也僅有 ChIP-seq 可以達到。
