microRNA
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微型核糖核酸晶片服務 microRNA Microarray Service

microRNA (miRNA) 是一種內生的的單股、非編碼的小片段 RNA，長度約 19-25 個核苷酸，在生物體透過 post-transcriptional 基因沈默的途徑，抑制蛋白質生合成，進而影響細胞發育、增生、分化、凋零等相關蛋白的表現；自 1993 年首度發現 miRNA 至今，Sanger miRBase 資料庫內的 miRNA 數目不斷增加，其中人類 miRNA 已發現有 940 個，且有將近 1/3 的人類基因受 miRNA 調控。

近年有關人類癌症的研究已著重在 miRNA 的調控上，許多文獻指出改變腫瘤基因或腫瘤抑制基因表現的關鍵因素可能是其 miRNA 作用所導致。因此 miRNA 可作為人類疾病預測、分類及癌症治療的生物性指標。

Agilent miRNA 生物微陣列系統於 2007 年 5 月推出，具有高通量分析、高靈敏度、高靈活性、高準確率及相對成本較其餘檢測方式低價等優勢。在晶片上利用獨特的探針設計，使得研究人員無需額外純化 small RNA，可直接以 total RNA 進行實驗，實驗結果經驗證準確率達 75% 以上。

Agilent 系統的穩定性能保障未來技術的延續，並不斷地隨著 Sanger miRBASE 資料庫更新晶片探針的完整度，為學術研究及臨床診療提供最準確的檢測平台。

Agilent 獨特的 miRNA 探針設計

  1. 以 10 個 T 為底，墊高探針，可提升雜合效率。
  2. 結合部分額外將探針設計 5'G 可與 miRNA 3'C 構成 G-C pair 穩定結構。
  3. 適當調整探針長度使其與 miRNA 結合部分之 Tm 值一致。
  4. 探針頂端設計一環狀結構，此空間障礙可使探針僅與 mature miRNA 結合，避免 precursor miRNA 或 mRNA 等大片段核酸分子競爭結合。因此實驗可直接以 total RNA 進行實驗，無需額外純化 small RNA。


Application

  1. miRNA 影響致癌基因及腫瘤抑制基因表現的變化
  2. 癌症相關研究及腫瘤分類
  3. 鑑定人類疾病的 biomarkers 作為診斷的指標


詳細規格

晶片物種 序列來源 規格
Human Sanger miRBase v.14.0
887 human miRNAs represented		 8 x 15K
Mouse Sanger miRBase v.15.0
696 mouse miRNAs represented		 8 x 15K
Rat Sanger miRBase v.15
387 rat miRNAs represented		 8 x 15K

威健提供客製化 miRNA 晶片，詳情請見客製化晶片服務
2011 年將推出 Sanger miRBase V16

樣品條件

檢體類別：Tissue、Cell line、total RNA

RNA QC 標準：
RNA amount RNA concentration OD260/280 28S/18S Ratio RIN
0.5 µg ≧ 50 ng/ µl ≧ 1.8 ≧ 1.2 ≧ 7
  • 量、濃度、純度之測量：採用 NanoDrop 測量，其敏感度至 5µg，受測體積只需 1µl。
  • RNA 完整度測量：採用 Bioanalyzer 2100 搭配 RNA 6000 nano labchip 或 RNA 6000 pico labchip，提供符合國際期刊所需之標準，包括 28S/18S ratio 及 RIN (RNA Integrity Number)。

實驗流程

流程說明
以 NanoDrop 及 2100 Bionanalyzer QC。
螢光標定後進行晶片實驗：RNA 雜交反應，Wash 晶片後進行晶片掃描。
Microarray 影像分析及 data 輸出。

報告內容

晶片原始影像、RNA QC 報告、原始訊號數值、miRNA Array 表現標準參考說明及統計分析，並由專員做資料詳盡解說。

報告內容 報告產出 說明 格式
圖檔部份 Scanning image Combined Cy3, Cy5 image TIFF
數值部份 Raw data 原始訊號數值 Excel
Normalized ratio ( 經 75th percentile 方法進行 normalization ) 統計分析 Excel

Reference

  1. Letzen, B.S., et al. (2010). MicroRNA Expression Profiling of Oligodendrocyte Differentiation from Human Embryonic Stem Cells. PLoS ONE 5(5): e10480
  2. Tanaka1, M., et al. (2009). Down-Regulation of miR-92 in Human Plasma Is a Novel Marker for Acute Leukemia Patients. PLoS ONE 4(5): e5532
  3. Mueller, D.W., et al. (2009). miRNA Expression Profiling in Melanocytes and Melanoma Cell Lines Reveals miRNAs Associated with Formation and Progression of Malignant Melanoma, Journal of Investigative Dermatology 129:1740–1751
  4. Zhang, X., et al. (2008). An Array-Based Analysis of MicroRNA Expression Comparing Matched Frozen and Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Human Tissue Samples. Journal of Molecular Diagnostics 10(6):513-519
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