Microbial Whole-Genome Sequencing Microbial WGS

自純菌樣品萃取 DNA 後，先將樣品 DNA 片段化至最適定序長度 (7~12kb)，接著製成啞鈴狀模板 (SMRTbell) 文庫，並於 PacBio Sequel IIe 平台進行定序與後續分析。

定序策略

1. PacBio Sequel IIe Platform
2. 提供每隻細菌基因體 >20 倍定序分析

1. 全基因體序列組裝。

   - 提供組裝所得之 contigs
   

   - 將組裝所得之 contigs 完成至 Finished/Complete (非標準服務內容)
   




2. 提供基因預測 (gene prediction) 及註解 (annotation) 分析結果。

   - 簡述基因預測統計結果，如蛋白質編碼基因總數、於組裝總長的佔比數、rRNA 基因叢聚個數、tRNA 基因個數、重複序列個數及 CRISPR 陣列數量
   

   - 基因註解結果
   

   - Contigs/chromosome/plasmid 的環狀輿圖：以顏色、箭號及柱狀圖分別標示基因位置、方向性及該區域的 GC Skew & GC%
   




3. 已知抗藥性基因的偵測結果。
   



4. 以已知的 53 個細菌的 ribosome protein subunits (rps genes) 的 DNA 序列進行比對，提供菌種分類與鑑定的結果。
   



5. 提供與參考菌株的長片段序列比對，以偵測基因組中倒置、缺失或重複的現象，並以點陣圖呈現結果。