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核酸純化服務 (Nucleic acids purification service)
LCM雷射微組織細胞擷取服務 (LCM Service)
基因晶片實驗分析服務 (Microarray Service)
生物資訊分析服務 (Bioinformatics Service)
定量PCR 分析服務 (Real time PCR service)

基因晶片實驗分析服務（Microarray service）
本公司 microarray array service 使用 Agilent 原廠建議儀器及實驗方法，從 sample QC ，螢光標幟反


應，晶片選擇，雜配實驗，晶片掃描，影像分析等，提供客戶實驗最佳化之品質。



目前提供基因晶片應用的服務有：
Gene expression microarray
Array CGH
ChIP-on-chip

MiRNA

Gene expression microarray：
Agilent 使用其專利噴墨技術 ( in situ inject printing ) 在玻片表面原位合成 60mer 寡核酸探針，作為測定基因表現變化的利器。

探針序列的設計除了經電腦程式考慮其 Tm 值、二級結構、序列特異性等之外，其每一探針皆經過實驗証明其再現性，並且在 2006 年美國 FDA 在 Nature Biotechnology 發表 目前主要 array 平台的 評估報告 ， Agilent array 的結果與 Taqman assay 的結果的一致性最高，在國際期刊上， Agilent array 也有相當多的論文發表，詳細論文資訊請見 Agilent 網站 。目前提供的晶片種類主要有：

Agilent 晶片種類 whole human genome whole mouse genome whole rat genome whole rice genome  Arabidopsis 3
 
array format		 4 x 44K 4 x 44K 4 x 44K 4 x 44K 4 x 44K
features/ array 45,015 45,018 45,018 ~45,000 45,018
genes coverage ~41,000 ~41,000 ~41,000 ~40,000 ~40,000
database source Goldenpath, Ensembl, Unigene, Human Genome (Build 33), Refseq, GebBank USC mRNA known genes, Natl. Institute on Aging, Genbank, Unigene, Refseq, Ensembl, RIKEN Ensembl, UCSC Goldenpath, Unigene, Refseq, Genbank Japan's Natl. Institute of Agrobiological Science KOME library database TIGR ATH1 v.5 database, RefSeq, GenBank, Univ. of Delaware's Arabidopsis MPSS database
Design ID 014850 014868 014879 015241 015059

另有物種如C.elegans, Canine, Frog, Rhesus Monkey, Yeast, Zebra Fish，其詳細規格請參見 Agilent 網站資訊 ， 如有其他物種需求，請來電洽詢，我們可以為您設計訂購。


檢體型式為 total RNA
RNA amount RNA concentration OD260/280 28S/18S Ratio RIN
5 µg ≧ 0.2 µg / m l ≧ 1.8 ≧ 1.2 ≧ 7
* 檢體型式為生物組織或細胞，請見 核酸純化服務

RNA QC 說明：
1. 量、濃度、純度之測量：採用 NanoDrop 測量，其敏感度至 5 µg ，受測體積只需 1 ml 。
2. RNA 完整度測量：採用 Bioanalyzer 2100 ，並搭配 RNA 6000 nano labchip 或 RNA 6000 pico labchip ，提供符合國際期刊所需之標準，包括 28S/18S ratio 及 RIN(RNA Integrity Number) 。
3. RNA QC 標準：
OD260/280 28S/18S Ratio RIN
≧ 1.8 ≧ 1.2 ≧ 7

Gene expression microarray 實驗服務流程說明
實驗服務流程 流程說明
客戶提供實驗組、對照組各一 total RNA
以 OD260/280 及 2100 Bionanalyzer QC
cRNA 放大暨螢光標幟
進行 hybridization 及 wash 步驟
array 影像分析及 data 輸出

Gene expression microarray 服務及報告內容

 

報告產出   說明 格式
報告內容
( 圖檔部份 ) 		Scanning image Combined Cy3,Cy5 image TIFF, JEPG
Scatter plot X 、 Y 軸分佈圖 JEPG
MA plot X 、 Y 軸分佈圖 JEPG
報告內容
( 數值部份 ) 		Raw data 原始訊號數值 Excel
Normalized ratio ( 經 rank consistent lowess 方法進行 normalization) 統計分析 Excel
p -value( 以 error model 進行 t- test 分析，以供 differential expressed gene 之判斷 ) 統計分析 Excel
Significant up & down regulated gene list Fold change ≧2 ， and P-value< 0.05 Excel

array CGH：
Agilent 使用其專利噴墨技術 ( in situ inject printing ) 在玻片表面原位合成 60mer 寡核酸探針，作為偵測染色體拷貝 (copy number) 變化的利器。

探針序列的設計除了經電腦程式考慮其 Tm 值、二級結構、序列特異性等之外，其已在國際期刊 PNAS 針對其 performance 進行驗證，如下圖所示，以 GM50122 18q- cell line 測試，所得結果和已知其 deletion 位置在 59,462,941 相符。
至目前為止，已有相當多的研究利用 Agilent CGH array 發表，詳細論文資訊請見 Agilent 網站 。目前提供的晶片種類為 human 及 mouse ，其 specification 詳述如下：
Agilent aCGH 晶片種類 Human 105A Human 244A Mouse 105A Mouse 244A
Product number 4412A 4411B 4416A 4415A
Feature size 65 µm 65 µm 65 µm 65 µm
Resolution 15 kb, 105K 6.4 kb, 244K 15 kb 6.4 kb
% of intergenic probe 71 70 69.6 68.4
% of intragenic probe 29 30 30.4 31.6
Probes per gene ≧2 (96%) ≧3 (99%)
≧ 4 (96%) 		≧2 (97.5%) ≧3 (99%)
≧4 (97.4%)
Other regions covered miRNA, promoter, telomere miRNA, promoter, telomere miRNA, promoter, telomere miRNA, promoter, telomere
# biological features (x3) 525 1,000 760 1,400
# control features 4,626 5,045 4,712 5,099
Content Source UCSC hg17 (NCBI Build 35) UCSC hg17 (NCBI Build 35) UCSC mm7 (NCBI Build 35) UCSC mm7 (NCBI Build 35)

檢體型式為 genomic DNA

　

DNA 量

DNA 濃度

OD260/280

一般 DNA

4 µg ≧200ng/ µl ≧1.7

微量 DNA ( 以 phi29 polymerase 進行 DNA 放大 )

0.5 µg ≧50ng/ µl ≧1.7

* 檢體型式若為生物組織或細胞，請見 核酸純化服務 。

** DNA純化方法建議採用QIAamp DNA mini kit (QIAGEN)或Gentra's DNA purification kit純化。

　

DNA QC 說明：
1. 量、濃度、純度之測量：採用 NanoDrop ，其敏感度至 5 ng/ml ，受測體積只需 1 ml 。
2. DNA 完整度測量：採用 Bioanalyzer 2100 ，並搭配 RNA 6000 nano labchip 或 RNA 6000 pico labchip 。
3. DNA QC 標準：
OD260/280
≧ 1.8

array CGH 實驗服務流程說明
實驗服務流程 流程說明
客戶提供一組待測及參考組 DNA
以 OD260/280 及 2100 Bionanalyzer QC
random priming 反應，螢光標幟 test- 及reference-DNA
進行 hybridization 及 wash 步驟
array 影像分析及 data 輸出
如果客戶沒有合適的參考組 DNA ，我們可以提供 Promega’s normal male DNA (cat.# G1471) 及 normal female DNA (cat.# G1521) ，做為aCGH實驗的參考組.
　


Array CGH 服務及報告內容

 

報告產出   說明 格式
報告內容
(圖檔部份)		 Scanning image Combined Cy3,Cy5 image TIFF, JEPG
Chromosome view   JEPG
報告內容
(數值部份)		 Raw data 原始訊號數值 Excel
Normalized ratio ( 經 linear normalization) 統計分析 Excel

ChIP-on-chip (chromatin immunoprecipitation-on-chip) ：
Agilent 使用其專利噴墨技術 ( in situ inject printing ) 在玻片表面原位合成 60mer 寡核酸探針，作為研究 epigenomics 的利器。

探針序列的設計經電腦程式考慮其 Tm 值、二級結構、以 blast 確認序列特異性。至目前為止，包含 Richard Young 等國際知名學者，利用 Agilent ChIP-on-chip array 發表十數篇論文在國際重要期刊 Nature ， Science ， Cell 等 ，詳細論文資訊請見 Agilent 網站 。目前提供的晶片詳述如下：

Agilent 晶片種類 Array format Target Probe resolution
Yeast 244K x 1 Contains ~85% of the non-repetitive portion of the yeast genome(~12 MB) ~50 nt
Human Promoter 244K x 2 ~17,000 of the best-defined human transcripts represented as defined by RefSeq
Content source from UCSC hg17/NCBI 		Set covers -5.5kb upstream to +2.5KB downstream of the transcriptional start sites
~25 probes/gene
Spacing ~195 nt
Mouse Promoter 244K x 2 ~17,000 of the best-defined mouse transcripts represented as defined by RefSeq
Content source from UCSC mm7/NCBI release 35(August 2005)		 Set covers -5.5kb upstream to +2.5KB downstream of the transcriptional start sites
~ 25 probes/gene
Spacing ~200 nt
Human CpG Islands 244K x 1 Content source from UCSC hg17/NCBI
27,800 CpG islands 		237,220 probes in or within 95bp of CpG Islands
195K CpG probes, 50K non-CpG
Drosophila 244K x 2 Enriched content source from UCSC dm2 Tiled across whole Drosophila genome with ~233 nt
Arabidopsis 244K x 2 Content source from UCSC ath1 Tiled across whole Arabidopsis genome with~ 212 nt
C. elegans 244K x 2 Content sourced from UCSC ce2 Tiled across whole C. elegans genome with ~182 nt

如有其他物種需求，請參見 Agilent 網站資訊 ，我們可以為您訂購。


ChIP-on-chip 實驗服務流程說明
實驗流程 流程說明
詳細 SOP 請下載 Agilent 建議
客戶端製備 chromatin-immunoprecipitation-DNA

需準備 5x10 7 至 1x108 細胞 · 以 formaldehyde 處理細胞以 cross-link 蛋白質及核酸

磁珠與 ChIP 抗體結合

溶解細胞，並以超音波將 chromatin 片段化至長度 100bp-500bp

進行 chromatin-immunoprecipitation 實驗 · 解除 cross-link ，並純化 DNA

以基因特異引子確認 ChIP 實驗成功
ChIP-DNA 、 Input-DNA 及基因特異引子送交威健 microarray 實驗室

2100 Bioanalyzer 確認 DNA 長度分布

以基因特異引子進行定量 PCR 確認 ChIP 實驗成功

補平 DNA 兩端，並連接上 linker · 進行 LM-PCR 以增幅 ChIP- 及 Input-DNA 量

random priming 反應，螢光標幟 ChIP- 及 Input-DNA

進行 hybridization 及 wash 步驟

Data 輸出，並分析 binding element

送樣條件：
ChIP DNA , ~100 ng, 長度分布在 100~500 bp

Input DNA, ~ 4 µg, 長度分布在 100~500 bp

ChIP 基因特異引子 , 5 µm, 20 µl

* 中南部客戶可以將檢體以 3~4 個冰包包裹，置於保麗龍盒內，以低溫宅急便運送。

ChIP-on-chip 服務及報告內容
  報告產出   說明 格式
報告內容
(圖檔部份)		 Scanning image Combined Cy3,Cy5 image TIFF, JEPG
Scatter plot X 、 Y 軸分佈圖 JEPG
MA plot X 、 Y 軸分佈圖 JEPG
報告內容
(數值部份)		 Raw data 原始訊號數值 Excel
Normalized ratio ( 經 LOWESS normalization) 統計分析 Excel
Identify the binding event by error model 統計分析 Excel

　

microRNA array ：
Agilent 使用其專利噴墨技術 ( in situ inject printing ) 在玻片表面原位合成 60mer 寡核酸探針，作為研究 microRNA表現 的利器。

探針序列的設計經電腦程式考慮其 Tm 值、特異性，並考慮排除pre-microRNA或其他RNA之雜交干擾，其系統performance已發表於國際知名期刊RNA。樣品需求為total RNA，不用經過任何的size-fractionation處理，且量僅需100ng即可進行實驗。
至目前為止，已有相當多的研究利用 Agilent miarray 發表，詳細論文資訊請見 Opengenomics網站 。目前提供的晶片種類為 human ，其 specification 詳述如下：
Agilent microRNA 晶片種類 Human  v1 Human  v2 Mouse Rat
Product number G4470A G4470B G4472A G4473A
Feature size 65 µm 65 µm 65 µm 65 µm
Probe length 60-mer 60-mer 60-mer 60-mer
Total feature ~15,000 ~15,000 ~15,000 ~15,000
total  miRNA gene no 534 799 577 350
Total human/mouse/rat miRNA gene no. 470 723* 567* 350*
Total  viral miRNA gene no. 64 76 10　 0
Replicate features per miRNA 20-40 20-40 20-40 20-40
Content Source Sanger miRBase Release 9.1 Sanger miRBase Release 10.1 Sanger miRBase Release 10.1 Sanger miRBase Release 10.1
Labeling type

Direct end labeling using Cyanine 3 pCp
*The miRNA gene no. registered on miBase 10.1 is 541 for human, 443 for mouse, and 287 for rat, the extra genes designed in the Agilent array are for the sequence variants.


檢體型式為 total RNA

　

RNA 量

RNA 濃度

OD260/280

total RNA

0.5µg ≧100ng/ µl ≧1.7

* 檢體型式若為生物組織或細胞，請見 核酸純化服務 。

** RNA純化方法建議採用Trizol(Invitrogen)純化，並遵循其建議步驟以isopropanol沉澱。

　


RNA QC 說明：
1. 量、濃度、純度之測量：採用 NanoDrop 測量，其敏感度至 5 µg ，受測體積只需 1 ml 。
2. RNA 完整度測量：採用 Bioanalyzer 2100 ，並搭配 RNA 6000 nano labchip 或 RNA 6000 pico labchip ，提供符合國際期刊所需之標準，包括 28S/18S ratio 及 RIN(RNA Integrity Number) 。
3. RNA QC 標準：
OD260/280 28S/18S Ratio RIN
≧ 1.8 ≧ 1.2 ≧ 7


miRNA array 實驗服務流程說明

實驗服務流程 流程說明
客戶提供total RNA
  以 OD260/280 及 2100 Bionanalyzer QC
T4 RNA ligase 反應，螢光標幟於miRNA 3' OH group
進行 hybridization 及 wash 步驟
array 影像分析及 data 輸出
　

　


miRNA array 服務及報告內容

 

報告產出 說明 格式
報告內容
(圖檔部份)		 Scanning image  Cy3,mage TIFF, JEPG
報告內容
(數值部份)		 Raw data 原始訊號數值 Excel
Ratio ( 不經 normalization)＊ 統計分析 Excel

*由於miRNA目前尚沒有合適的內因性控制基因以作為normalization之參考，因此目前以置入螢光標幟的量100ng為單位。