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生物資訊分析服務 Bioinformatics service |
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本公司生物晶片結果報告包含兩種型式：書面報告及電腦檔案光碟片 。
光碟片內包含兩個部分，分別是：晶片掃描圖檔及晶片分析資料 Excel 檔。 |
晶片分析資料 Excel 檔案，其中包含客戶基本資料 Array Information 、晶片欄位說明 Column Description 、晶片之影像分析結果 ( 含 Raw data ， Extracted data ， Significant up ， Significant down) 、晶片之影像 Image 、 Scatter plot 及 MA plot 。
當您在瀏覽晶片結果數值資料的部分，由於訊號較低的數值受到各因子干擾的影響程度較高，誤差較大，建議進一步的基因確認實驗以擇取訊號較強者為優先，可參照欄位 Signal / Background 的比值 ( 已分別用紅色及綠色標示 ) ，比值大於或等於 1 者，其訊號品質較佳， cy5 和 cy3 之比值皆低於 1 者我們用灰色標示，以提醒您的注意。 |
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| 針對 data normalization ，我們是以 rank consistant lowess 來進行 , 其中會提供 normalized ratio,log2 normalized ratio( 即 M 值 ) 及 A 值， A 值的計算為 [log2(gBGSubSignal) +log2 (rBGSubSignal)]/2 ，其意義為該基因在實驗組 (Cy5) 及對照組 (Cy3) 之平均訊號強度，您可以檢視 excel 表或附圖中的 MA plot ，視您有興趣的基因其 M,A 值所在位置， A 值愈高表示該基因表現的 copy number 愈高，反之亦然。 Differentially expressed genes 之選擇，除了傳統的兩倍差異表現之外 ( 即 |M|>=1 ，或 normalized ratio<=0.5 or >=2) ，我們也利用統計的方法計算兩個樣品訊號數值差異的程度，以 P Value 表示之， P Value 越小者表示兩個樣品之間的差異程度越大，根據我們的經驗，P Value 值低於0.05者，其再現性較高，因此我們 也將符合此原則的基因另外整理出 |
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Significant up 及 Significant down 兩工作頁。另外我們也把每個基因的相關資訊附註於每個晶片結果數值資料工作頁，主要有 基因符號 Gene Name 、基因序號 Systematic Name 、 基因分類資料庫 ( 生物過程 GOTERM_BP_2 GOTERM_BP_3 、分子功能 GOTERM_MF_2 GOTERM_MF_3 、特定元件 GOTERM_CC_2 GOTERM_CC_3) 、 代謝途徑資料庫 (KEGG_PATHWAY BIOCARTA) 。而這些資訊將可於下列網站中做進一步分析與搜尋：
 本公司亦提供合作合約客戶與大量晶片委託服務客戶進一步生物資訊分析服務如下列： |
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基因搜尋服務 (Gene Finding Service) ：經由和客戶直接討論，運用多種生物資訊及統計方法，如 Profile Search , t-test / ANOVA ，等，協助客戶搜尋相關研究基因 (Target Genes) 。 |
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疾病分群服務 Disease Profiling Service (Unsupervised and Supervised) ：我們可將基因晶片配合臨床資訊，運用群組分析 (Clustering Analysis) ，可協助客戶得到疾病亞型 (Sub type) 基因圖 (Heat Map) 及差異基因分析。 |
| 3. |
aCGH 資料分析 |
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http://www.ncbi.nlm.nih.gov
